Historisk har det tatt et gjennomsnitt på 11 år for å bli diagnostisert med cøliaki etter at symptomene første vises. Men, er at posten forventes å øke som både pasienter og helsepersonell blir mer oppmerksomme på sykdommen. Cøliaki har ofte gått ubemerket fordi dens klassiske symptomene ligner på andre vanlige plager, slik som irritabel tarm syndrom og laktoseintoleranse. Videre trenger en halv til to tredjedeler av cøliakipasienter ikke har gastrointestinale plager, i stedet viser de tegn til anemi eller trøtthet. I slike tilfeller er cøliaki vanligvis identifisert bare etter noen andre årsaker, slik som indre blødninger, er funnet for disse symptomene.
For personer med symptomer, er en blodprøve og en biopsi ansett som viktig for å gjøre en definitiv diagnose av cøliaki. Blodprøver for å se etter spesifikke antistoffer (anti-endomysium og anti-tissue transglutaminase) er det første trinnet i å diagnostisere cøliaki. Hvis du blir testet, er det viktig ikke å begrense gluten i kosten før antistoff blodprøve eller biopsi, fordi det kan forskyve resultatene og påvirke diagnose. Ett eller flere av disse antistoffene finnes hos bortimot alle med cøliaki som ikke følger en glutenfri diett, men er sjelden til stede hos personer som ikke har denne sykdommen. En negativ blodprøve vanligvis kan utelukke cøliaki. Selv om en positiv blodprøve for antistoffer indikerer en sterk sannsynlighet for å ha sykdommen, er det ikke definitive.
Personer med positive antistofftester bør ha en tarmbiopsi - gullstandarden for diagnostisering av cøliaki. Den biopsi vil bli gjennomført i løpet av en endoskopi (også kalt en esophagogastroduodenoscopy, eller EGD). I denne prosedyren, utført under lokalbedøvelse og sedasjon, slanger legen et smalt rør med en miniatyr videokamera ned spiserøret, gjennom magen, og inn i tynntarmen. Guidet av bildet på en skjerm, fjerner legen et lite stykke vev. En patolog deretter undersøker vevsprøve under et mikroskop etter tegn på skader på villi (som, hvis den skades, vil vises flatere enn vanlig) og for de inflammatoriske celler som signaliserer en autoimmun reaksjon.
